是在原北京大學化學系的基礎上發(fā)展起來的。北京大學化學系是中國國立大學中成立zui早的化學系，其前身是成立于1910年的京師大學堂格致科化學門。1911年武昌起義爆發(fā)后，京師大學堂停辦，后改名北京大學。1913年化學門重新招生，1919年改稱化學系。1952年全國范圍院系調(diào)整后的北京大學化學系由原北京大學、清華大學、燕京大學三校的化學系重組而成。1994年化學系更名為化學與分子工程學院（以下簡稱化學學院）。2001年原技術物理系應用化學專業(yè)并入化學學院。

　　目前，化學學院設有5個系：化學系、材料化學系、高分子科學與工程系、應用化學系和化學生物學系；5個研究所：無機化學研究所、有機化學研究所、分析化學研究所、物理化學研究所、理論與計算化學研究所；擁有2個國家重點實驗室、2個教育部重點實驗室和1個國防科工委國防重點學科實驗室：稀土材料化學與應用國家重點實驗室、分子動態(tài)與穩(wěn)態(tài)結構國家重點實驗室、生物有機與分子工程教育部重點實驗室、高分子化學與物理教育部重點實驗室、放射化學與輻射化學國防重點學科實驗室。無機化學、物理化學、高分子化學與物理、有機化學和分析化學5個學科是國家教育部重點學科。2003年底國家科技部批準北京大學化學學院與中國科學院化學研究所聯(lián)合籌建“北京分子科學國家實驗室”?；瘜W學院承辦了《物理化學學報》和《大學化學》期刊，并接受教育部的委托成立了“高等學?；瘜W教育研究中心”。

　　化學學院現(xiàn)有教職員工201人，其中中科院院士7人，長江特聘教授12人，講座教授2人，教授55人，副教授55人。有27人獲得國家自然科學基金委杰出青年基金資助，11人與國外學者合作獲得B類杰出青年基金資助，13人獲得教育部跨（新）世紀人才基金資助，10人獲得教育部青年教師基金，8人入選*百千萬人才工程；“稀土功能材料化學”、“表界面納米工程學”，以及“有機合成與方法學”3個研究團隊獲得國家自然科學基金委“科學基金創(chuàng)新研究群體”資助。“表界面納米工程學”和“功能聚合物的多尺度結構和分子工程”2個教育部創(chuàng)新團隊發(fā)展計劃?；瘜W學院同時承擔多項國家重大基礎研究規(guī)劃項目、基金委重大、重點和面上項目，以及教育部博士點基金項目等。獲得過多項國家及部委級科研、教學獎勵。2000年以來發(fā)表SCI收錄論文每年保持在400篇左右，且高水平的文章呈逐年遞增的趨勢。